其实大豆蛋白尽管算得上优质蛋白 ，但并非最优质的或最好的 。大豆蛋白中一种叫作甲硫氨酸（或蛋氨酸）的必需氨基酸较少 ，不只比动物蛋白少，比某些谷类蛋白也少 。假如用大豆做饲料喂食禽畜类动物的话 ，要别的增加一些甲硫氨酸才干满意禽畜类动物的需求 。此外，大豆蛋白中赖氨酸也不太安稳 ，在大豆制品加工过程中有所丢失 ，导致含量缺乏 。因而 ，大豆蛋白的营养价值比不上牛奶蛋白（乳清蛋白） 、鸡蛋蛋白或肉类蛋白 。
实际上 ，大豆的优势并不是蛋白质比动物性食物更好 ，而是大豆及其制品不含胆固醇 ，脂肪含量低，且主要为不饱满脂肪酸 ，这对防治肥壮和高血压 、血脂反常 、冠心病等心血管病是可贵可贵的。为此 ，1999年 ，美国食品药品管理局（FDA）答应大豆制品厂商声称“大豆蛋白或许削减患心脏病的危险” 、“作为低饱满脂肪酸和低胆固醇膳食的一部分 ，每天吃25克大豆蛋白或许削减患心脏病的危险” 。
此外 ，大豆是一切植物性食物中蛋白质含量最多 ，且质量最好的 ，而且其间赖氨酸含量丰厚，与谷类一同食用能经过互补效果进步全体膳食营养价值。
